64版と比較して様々な変更がなされていますが、大部分が改悪です。

・64版では使えたアクションのいくつかが使えなくなっています。
気づいたところでは「滑る斜面での3段跳び」「落下中にキックで減速」「幅跳びからの壁キック」「連続での後ろ宙返り」が挙げられます。
・64版に存在したショートカットコースの多くが潰されています。
例えば各所に柵が追加され上に上りづらくなったり、マウンテンスライダー出口や本棚お化け出口など露骨に塞がれているものも多数あります。
・逆に露骨に難易度を下げる変更も数多くあります。
「高さのある面にフクロウの追加」「落ちやすい面に地形の追加」「ショートカット用の木の追加」などです。

これらの変更によって、入り口は広がったかもしれませんが、奥の浅いゲームになってしまいました。
最近は動画投稿サイトでいわゆる「超絶プレイ」の動画が数多く見られますが、そのようなプレイをするコアユーザーを真っ向から拒絶する作りです。

追加要素も負の面が大きすぎます。
・スターが多く追加されました
ここは自分が一番楽しみにしていたところなのですが、追加のスターはほぼスイッチを押すか5つのシルバースターを回収するかの2択で、今までのような面白みが皆無です。これでは集めるものが多くなった不便だけが残ります。
・キャラクターが追加されました
プレイの幅が広がることを期待しましたがそうはなりませんでした。もともとマリオの持っていた透明化・メタル化の能力を他に割り振ったため、必要な時に他のキャラに交代する不便だけが残りました。
新アクションの水上歩行や卵投げは使う機会が滅多にありませんし、ワリオのパンチやヨッシーの炎は障害物の除去専用であり、面倒になっただけです。

また、それ以前の問題として作りこみが甘すぎます。
ネタばれになるのでどことは言いませんが、時期を逃すと回収不能になるスターがあります。
カメラワークが悪くなり、キャラが見えなくなったり急激な視点変更で操作が困難になる箇所が増加しました。
帽子による変身はマイナス面も多いにもかかわらず解除する方法が敵に触れるしかないため、周りに敵がいない場合非常に面倒なことになります。

最後に操作面ですが、確かに悪いですが使えないほどではないと感じます。
タッチスクリーン操作は問題外ですが、十字キーなら多少の不便はあるものの十分に遊べます。
ただボタン配置が変わっているのがなんとも。キーコンフィグは用意して欲しかった。
また棒つかまり時やカメラ回転の左右が逆になっているのは64版をプレイしたことがある人にとっては混乱の元です。

６４版をやっていないので、オリジナルとの比較もできないし、
レビューを読んだので操作性の悪さも覚悟の上購入。
が、これは予想以上だった…。
行きたい方向に行けないのなんの。敵がわーっとやって来るのも見えてるにかかわらず
よけることができないので、だんだんイライラしてきたり。
慣れてないからだけでしょうか？そうだといいのですが…
まだステージ2-2にて早速放置してしまってます。
海外版が$70（約７千円）したので、余計にショックです（汗）